Az Egyesületnél három tagból álló Felügyelő Bizottság működik. A Felügyelő Bizottság ellenőrzi a közhasznú Egyesület működését és gazdálkodását. Tagjait a Közgyűlés választja.
A Hungarnet Egyesület Felügyelő Bizottsága
Seres József elnök (MTA KIK MTMT)
Kadlecsik József tag (Wigner FKI)
Pásztor Miklós tag (PPKE)